phpDocumentor で文字化け

普通に phpDocumentor を実行すると。

$ phpdoc -d ./src/ -t ./doc/

画面のレイアウトにデフォルトのテンプレートが使用されます。
デフォルトのテンプレートは HTML の charset が ISO-8859-1 で固定されちゃってるそうです。
文字化けしちゃいます。

ので。
charset が指定されていないテンプレートを使うように指定すれば解決です。

$ phpdoc -d ./src/ -t ./doc/ -o HTML:Smarty:PHP

おまけに画面のレイアウトが PHP マニュアル風になります。それっぽいです。
PHP: PHP マニュアル - Manual

デフォルトのテンプレートじゃないとヤダ！でも文字化けするのはヤダ！と言う人は。
[PEAR_DIR]/data/PhpDocumentor/phpDocumentor/Converters/HTML/frames/templates/default/templates/*****.tpl の

<meta http-equiv='Content-Type' content='text/html; charset=iso-8859-1'/>

を

( PHP に EUC-JP でコメントを書いてる場合 )

<meta http-equiv='Content-Type' content='text/html; charset=euc-jp'/>

参考
Do You PHP? - phpDocumentor - PHPDocに代わるAPIドキュメント自動生成ツール